科學家本（Zach Galifianakis 飾）隸屬於美國政府某個秘密部門它通過高科技手段訓練豚鼠說話與思考並將它們培養成特工人員然而本的部門卻麵臨被FBI關閉的局麵為了證明他和豚鼠特工的能力本向豚鼠特工隊的負責鼠達爾文（山姆·洛克威爾 Sam Rockwell 配音）下令要它們潛入賽博林工業的CEO羅納德·賽博（Bill Nighy 飾）的辦公室尋找羅納德向中東國家出賣可用於軍事的高科技芯片的證據達爾文毫不怠慢帶著布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、華蕾斯（佩內洛普·克魯茲 Penélope Cruz 配音）、蒼蠅莫奇和斯貝克斯（尼古拉斯·凱奇 Nicolas Cage 配音）等成員迅速展開行動 　　這群豚鼠特工隊員體型雖小卻身懷絕技它們成功闖入羅納德的辦公室並下載到重要資料然而這場冒險才剛剛開始…...