神秘的EVA零號機駕駛員綾波麗在與碇元度約定之時來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊她的命運似乎就將在此結束　　在危急時刻葛城美裏不但要完成加持良治交待的對“第二次浩劫”真相以及“人類補完計劃”的探查工作還要保護碇真嗣與明日香以及防備SEELE 對初號機與二號機的物理接觸　　出於對碇元度的憎恨赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案她能否成功長期與SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯為了防止人類“最終的悲劇”而醞釀了的“人類補完計劃”能否實現盡在《新世紀福音戰士》電影版第2部中解答